Ένα βασικό χαρακτηριστικό των ΠΠΣ είναι η λειτουργία ΟΜΙΛΩΝ, οι οποίοι απευθύνονται τόσο σε μαθητές του σχολείου, όσο και σε μαθητές άλλων σχολείων. Ο στόχος τους είναι να βοηθήσουν τα παιδιά να αναπτύξουν τις κλίσεις τους και να τους δώσουν αφορμή να ασχοληθούν δημιουργικά με πράγματα για τα οποία ενδιαφέροονται.
Η θεματική των ομίλων μπορεί να ποικίλει ανάλογα με τα ενδιαφέροντα τόσο των μαθητών που θα συμμετάσχουν σε αυτούς, όσο και των εκπαιδευτικών οι οποίοι θα έχουν την ευθύνη λειτουργίας τους. Μέσα από τη δουλειά στους ομίλους οι μαθητές και οι μαθήτριες μπορεί να ανεβάσουν μία θεατρική παράσταση, να αποκτήσουν κάποιο πιστοποιητικό ξένης γλώσσας, να συμμετάσχουν σε διαγωνισμούς στην Ελλάδα ή στο εφωτερικό, να γράψουν ένα βιβλίο, να συμμετάσχουν σε μία εξόρμηση σε άλλη πόλη ή απλά ...να χαρούν για τη “διαδρομή” που έκαναν, παρέα με τους καθηγητές και τους συμμαθητές τους.